R語言可視化之ggplot2——KEGG通路富集分析

之前分享了如何用ggplot2可視化GO分析的結果。既然做了GO，當然少不了KEGG了。

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同樣的，我們從 DAVID 獲取KEGG pathway的結果。

對于KEGG，我比較喜歡做氣泡圖，這樣用兩種形式的圖結合在一起，效果更豐富更好看一點。

r語言氣泡圖對數(shù)據格式的要求

利用R語言堆疊圖，我們可以將一個項目中所有樣品的物種組成展示出來。

下面介紹如何利用R語言進行物種組成分析和可視化。過程分為以下幾步：

1)模擬豐度矩陣；

2)模擬分組；

3)標準化豐度；

4)調整格式；

5)ggplot2繪制堆疊圖、沖積圖、分面、分組、堆疊面積圖。

如何用R語言畫氣泡圖

坐標為x,y的點圖 點的size 用另一變量Z控制。

ggplot(data=,aes(x= ,y= ))+geom_point(size= )

《R語言實戰(zhàn)》自學筆記66-氣泡圖

數(shù)據準備

氣泡圖（bubble plot）：在二維散點圖的基礎上，用點的大小來代表第三個變量的值。

symbols()函數(shù)來創(chuàng)建氣泡圖。該函數(shù)可以在指定的(x, y)坐標上繪制圓圈圖、方形圖、星形圖、溫度計圖和箱線圖。

symbols(x, y, circle=radius)

其中x、y和radius是需要設定的向量，分別表示x、y坐標和圓圈半徑。

你可能想用面積而不是半徑來表示第三個變量，那么按照圓圈半徑的公式（r = /πA ）變換即可:

symbols(x, y, circle=sqrt(z/pi))

一般來說，統(tǒng)計人員使用R時都傾向于避免用氣泡圖，原因和避免使用餅圖一樣：相比對長度的判斷，人們對體積/面積的判斷通常更困難。

參考資料：

【R語言】解決GO富集分析繪圖，標簽重疊問題

前面我給大家詳細介紹過

?GO簡介及GO富集結果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風格展示結果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經過我的認真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關的函數(shù)拿出來認真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結所在。

dotplot這個函數(shù)，多了個 label_format 參數(shù)

我們來看看這個參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個參數(shù)默認值是30，當標簽的長度大于30個字符就會被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調節(jié)一下這個參數(shù)，把他設置成100，讓我們的標簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復原來的容貌。

關于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

R數(shù)據可視化7:氣泡圖 Bubble Plot

氣泡圖（Bubble Plot）就是由一個個像氣泡元素組成的圖，和普通的散點圖不同，該圖可以展示三維甚至四維信息，如下圖： 點的位置即其橫縱坐標分別代表了Weight和Height，氣泡的大小代表了Age，顏色代表了不同個體。

再舉幾個例子：

上面用了不同形式展示了GO或其他富集的結果。上圖和右下圖中，我們用顏色代表GO的類別，用橫縱坐標代表p-value和z-score，用大小代表富集的基因Count。左下圖我們用顏色代表p-value，用大小代表GeneCount，橫坐標代表GeneRatio，縱坐標代表具體的類別。

從上述例子中可以發(fā)現(xiàn)用氣泡圖我們能展示更多的數(shù)據信息。 隨著多組學研究的涌現(xiàn)，我們急需在同一張圖表理展現(xiàn)多維的數(shù)據，氣泡圖就是一個不錯的選擇。

1）需要什么格式的數(shù)據

根據最終想要在氣泡圖上展示數(shù)據的維度以確定數(shù)據的格式。

本次用一個來自于GOplo包的數(shù)據EC，該數(shù)據為RNA-seq的下游分析數(shù)據。

該數(shù)據標準化處理后進行統(tǒng)計分析以確定了差異表達基因。 使用DAVID功能注釋工具對差異表達基因（調整后的p值0.05）進行基因注釋富集分析。

由于本次將使用兩個包一個是GOplot專門用于轉錄組數(shù)據的下游展示，還有一個是我們常用的畫圖包ggplot2， 需要注意的是用于ggplot2的作圖數(shù)據還要基于circ略作修改，具體見下文。

2）如何作圖

GOplot 包提供了直接做氣泡圖的方法：

略調整參數(shù)之后可以對圖的布局、顏色等進行調整：

然后，我們來看一看用常見的包ggplot2應該如何做該圖。

首先我們要對數(shù)據處理一下，剔除一些不必要的信息：

稍作改變，去除圖例添加facet。

往期 R數(shù)據可視化 分享

R數(shù)據可視化6: 面積圖 Area Chart

R數(shù)據可視化5: 熱圖 Heatmap

R數(shù)據可視化4: PCA和PCoA圖

R數(shù)據可視化3: 直方/條形圖

R數(shù)據可視化2: 箱形圖 Boxplot

R數(shù)據可視化1: 火山圖

名稱欄目：r語言go氣泡圖 r語言 氣泡圖
文章路徑：http://jinyejixie.com/article42/hpcgec.html

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