這期內(nèi)容當(dāng)中小編將會(huì)給大家?guī)?lái)有關(guān)怎樣獲取物種所有基因?qū)?yīng)的GO注釋?zhuān)恼聝?nèi)容豐富且以專(zhuān)業(yè)的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

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Gene Ontology是研究基因功能的重要數(shù)據(jù)庫(kù)之一，在進(jìn)行GO的富集分析時(shí)，需要提供所有基因?qū)?yīng)的GO注釋信息，下面介紹幾種獲取該信息的方式。

1. 從GO官網(wǎng)進(jìn)行下載

官網(wǎng)提供了幾種常見(jiàn)物種對(duì)應(yīng)的GO注釋信息，文件格式為GAF, 下載鏈接為

http://www.geneontology.org/page/download-go-annotations

human對(duì)應(yīng)的文件如下

該文件中提供的是uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白對(duì)應(yīng)的GO信息，會(huì)給出蛋白對(duì)應(yīng)的uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)編號(hào)，蛋白對(duì)應(yīng)的基因symbol, 以及GO注釋?zhuān)纠缦?/p>

UniProtKB A0A024R161 DNAJC25-GNG10  GO:0003924

原始文件列數(shù)很多，我只選了前4列，第一列表示數(shù)據(jù)庫(kù)的名字，第二列為數(shù)據(jù)庫(kù)中的編號(hào)，第三列為gene symbol, 第四列為對(duì)應(yīng)的GO注釋。

2. 從GOA項(xiàng)目進(jìn)行下載

EBI對(duì)uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白進(jìn)行了GO注釋分析，這個(gè)項(xiàng)目名為gene ontology annotation, 簡(jiǎn)稱(chēng)GOA, 在FTP也提供了物種對(duì)應(yīng)的注釋信息，示意圖如下

以human為例，F(xiàn)TP地址如下

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/HUMAN/

這里的文件和GO官網(wǎng)的文件內(nèi)容和格式是一致的，只不過(guò)數(shù)量上稍有差異。

3. 從NCBI Gene 數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行下載

在NCBI檢索基因時(shí)，在結(jié)果頁(yè)面會(huì)看到該基因?qū)?yīng)的很多注釋信息，其中就包括了GO注釋?zhuān)@些信息在FTP上都提供了源文件，以供下載，鏈接如下

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/DATA/

幾個(gè)主要的文件示例如下

gene2go就是基因?qū)?yīng)的GO注釋文件，這個(gè)文件包含了所有物種的GO信息，可以根據(jù)物種對(duì)應(yīng)的tax id提取指定物種。

NCBI中用Entrez Id 標(biāo)識(shí)每個(gè)基因，通過(guò)另外的幾個(gè)文件，可以得到Entrez ID, Ensemble Id, Gene Symbol對(duì)應(yīng)的GO信息。

4.  從Bioconductor 獲取

對(duì)于常見(jiàn)的物種，Bioconductor上也提供了對(duì)應(yīng)的注釋包，示意如下

以org.Hs.eg.db為例，這個(gè)R包存儲(chǔ)了很多human基因?qū)?yīng)的信息，通過(guò)keys和select函數(shù)可以獲得基因?qū)?yīng)的GO注釋信息，代碼如下

> k <- keys(org.Hs.eg.db, keytype = "ENTREZID")[1:3]
> select(org.Hs.eg.db,
   keys = k,
   columns = c("GO", "ONTOLOGY"),
   keytype="ENTREZID")
'select()' returned 1:many mapping between keys and columns
   ENTREZID         GO EVIDENCE ONTOLOGY
1         1 GO:0002576      TAS       BP
2         1 GO:0003674       ND       MF
3         1 GO:0005576      IDA       CC

這里的代碼只是根據(jù)Entrez ID 得到了GO注釋信息，其實(shí)這個(gè)R包也包含了gene symbol, ensembl id等很多其他的基因ID。

許多做富集分析的包就會(huì)從物種對(duì)應(yīng)的db包中讀取GO注釋信息。

上述就是小編為大家分享的怎樣獲取物種所有基因?qū)?yīng)的GO注釋了，如果剛好有類(lèi)似的疑惑，不妨參照上述分析進(jìn)行理解。如果想知道更多相關(guān)知識(shí)，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。

網(wǎng)站標(biāo)題：怎樣獲取物種所有基因?qū)?yīng)的GO注釋
文章位置：http://jinyejixie.com/article34/gpejse.html

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