這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)gencode數(shù)據(jù)庫有什么用，小編覺得挺實(shí)用的，因此分享給大家做個(gè)參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

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對于人和小鼠而言，NCBI, Ensembl等數(shù)據(jù)庫都保存了對應(yīng)的基因注釋信息，不同數(shù)據(jù)庫中的信息來源和可信度都不一樣，gencode綜合HAVANA和Ensembl 數(shù)據(jù)庫中的信息，通過實(shí)驗(yàn)手段加以驗(yàn)證，從而構(gòu)建一個(gè)高質(zhì)量的注釋信息數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址如下

https://www.gencodegenes.org/

官網(wǎng)提供了GTF和GFF3兩種格式的文件以供下載，示意如下

每種類型的文件提供了3種區(qū)域

1. CHR

2. ALL

3. PRI

對于基因組而言，包括了chromsome，unplaced_scaffold, alt_scaffold, patch等序列，這些序列上都存在對應(yīng)的基因。CHR指的是染色體級別的信息，包括細(xì)胞核內(nèi)的染色體和線粒體；ALL包括所有的序列，PRI只包含染色體和unplaced_scaffold序列上的信息。官方推薦，使用CHR級別的信息。

文件中采用level來表示注釋信息的可信度，目前共包括3個(gè)level。

level1代表可靠的注釋信息，有直接的實(shí)驗(yàn)證據(jù)支持的注釋信息；level2代表的是經(jīng)過人工校對的注釋信息，取HAVANA和Ensembl注釋信息中一致的注釋信息；level3指的是軟件注釋的信息，通常是Ensemble中和HAVANA不一致的注釋信息。

如果想要得到更高可信度的注釋信息，可以根據(jù)level進(jìn)行過濾，只選擇1和2這兩個(gè)層級的注釋信息。

文件中共包含的基因和轉(zhuǎn)錄本的個(gè)數(shù)統(tǒng)計(jì)如下

1. human

2. mouse

在文件中，會給出基因或者轉(zhuǎn)錄本的類型信息，解釋如下

1. protein_coding
   蛋白編碼基因

2. lincRNA
   位于基因間區(qū)的長鏈非編碼RNA

3. non_coding
   文獻(xiàn)中證實(shí)的非編碼RNA

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