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KEGGGlycan數(shù)據(jù)庫的原理是什么

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復(fù)合糖作為糖類與蛋白質(zhì)或者脂質(zhì)結(jié)合的產(chǎn)物 ,在生物中分布廣泛,具有重要的功能。GLYCAN 數(shù)據(jù)庫收錄了實驗驗證過的復(fù)合糖的信息,主要是結(jié)構(gòu)信息。每條記錄用G number 標識,比如 G00197。

對于復(fù)合糖而言,搞清楚其結(jié)構(gòu)只是最基礎(chǔ)的研究,我們更加關(guān)注其在生命活動中的意義。kegg 將復(fù)合糖相關(guān)的基因,代謝途徑, 疾病等信息關(guān)聯(lián)在一起,通過pathway的形式進行展示。 在pathway 數(shù)據(jù)庫中,有1個類別,專門用于描述復(fù)合糖的代謝通路信息,叫做 Glycan biosynthesis and metaboli,

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在這些pathway 中,主要展示的信息是復(fù)合糖的代謝途徑,與基因的相互作用等信息,有部分圖中還包含了復(fù)合糖對應(yīng)的生物合成途徑,或者降解途徑,這部分信息成為 structure map。比如 map00510, 可以分成以下兩部分:

  1. 代謝通路

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  1. structure map

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對于復(fù)合糖在癌癥中的作用,專門有1個pathway 來記錄這些信息

http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa05205

糖基轉(zhuǎn)移酶催化糖類與蛋白,脂質(zhì)等物質(zhì)的結(jié)合。
有關(guān)糖基轉(zhuǎn)移酶的信息,在KO 數(shù)據(jù)庫中進行了存儲,比如下圖,不僅給出了對應(yīng)的基因,還給出了對應(yīng)的enzyme EC 編號, CAzy 數(shù)據(jù)庫的信息,而且還給出了參與的pathway 信息。

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對于所有收錄的糖基轉(zhuǎn)移酶的分類,對應(yīng) brite 數(shù)據(jù)庫中的鏈接如下

http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?ko01003.keg

總結(jié)

  1. Glycan 數(shù)據(jù)庫收錄了糖類物質(zhì)的結(jié)構(gòu)信息,并給出了糖類參數(shù)的各種代謝通路。

  2. 糖基轉(zhuǎn)移酶,催化糖類與蛋白質(zhì),脂質(zhì)等的結(jié)合,在KO數(shù)據(jù)庫中給出了對應(yīng)的信息。

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文章名稱:KEGGGlycan數(shù)據(jù)庫的原理是什么
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