本篇內(nèi)容主要講解“如何使用WebLogo可視化motif”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強(qiáng)。下面就讓小編來帶大家學(xué)習(xí)“如何使用WebLogo可視化motif”吧!

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WebLogo是一款經(jīng)典的motif可視化軟件，在很多的文章中都提到了使用該軟件繪制motif的sequence logo。作為一個在線工具，其操作簡單，易于使用，網(wǎng)址如下

http://weblogo.threeplusone.com/

只需要上傳序列的多序列比對結(jié)果即可， 以下圖中的bing sites的序列為例

1. 上傳多序列比對結(jié)果

點擊create菜單，上傳fasta格式的多序列比對結(jié)果

示例中的多序列比對結(jié)果如下

>binding_site1
CCCATTGTTCTC
>binding_site2
TTTCTGGTTCTC
>binding_site3
TCAATTGTTTAG
>binding_site4
CTCATTGTTGTC
>binding_site5
TCCATTGTTCTC
>binding_site6
CCTATTGTTCTC
>binding_site7
TCCATTGTTCGT
>binding_site8
CCAATTGTTTTG

2. 調(diào)整參數(shù)設(shè)置

分為了兩個部分，第一部分主要調(diào)整輸出文件的格式，示意如下

可以設(shè)置標(biāo)題，輸出文件的格式，支持PNG,PDF,SVG,JPEG等多種格式。對于輸入的序列類型會自動進(jìn)行判斷，支持dan, rna, protein3種序列。

第二部分主要調(diào)整圖片上顯示的內(nèi)容，示意如下

一般情況下，都需要把error bar和version信息去掉。這部分最主要調(diào)整的是配色，對于DNA和RNA, 內(nèi)置的配色如下

對于蛋白質(zhì)序列，內(nèi)置的配色如下

設(shè)置調(diào)整好之后，點擊Create WebLogo即可。示例中的DNA序列，采用classic配色，結(jié)果如下

webLogo還有對應(yīng)的命令行版本，可以本地運(yùn)行，基本用法如下

weblogo --format PNG < cap.fa > cap.png

更多參數(shù)和細(xì)節(jié)請參考官網(wǎng)的幫助文檔。

到此，相信大家對“如何使用WebLogo可視化motif”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！

分享名稱：如何使用WebLogo可視化motif
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