Hi-C數(shù)據(jù)處理分析的利器Juicer是怎樣的，針對(duì)這個(gè)問題，這篇文章詳細(xì)介紹了相對(duì)應(yīng)的分析和解答，希望可以幫助更多想解決這個(gè)問題的小伙伴找到更簡(jiǎn)單易行的方法。

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通過(guò)Hi-C數(shù)據(jù)可以分析TAD,chromatin loops等染色質(zhì)空間結(jié)構(gòu)的基本單元，加強(qiáng)我們對(duì)染色質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的認(rèn)知。面對(duì)海量的Hi-C數(shù)據(jù)，如何高效完成數(shù)據(jù)分析成為了一個(gè)挑戰(zhàn)。

目前針對(duì)Hi-C數(shù)據(jù)的分析也有很多的軟件可以用，而juicer無(wú)疑是使用的最廣泛的軟件之一。該軟件的源代碼托管在github上，

如下圖所示，和其名字一樣，juicer就像是一款榨汁機(jī)，輸入Hi-C產(chǎn)生的原始fastq數(shù)據(jù)，經(jīng)過(guò)層層加工，直到產(chǎn)生有效的數(shù)據(jù)分析結(jié)果。在整個(gè)數(shù)據(jù)分析過(guò)程中，使用者不需要高深的編程技巧，只需要一些基本的操作規(guī)范，人人都可以使用該軟件來(lái)分析Hi-C數(shù)據(jù)。

juicer作為一款強(qiáng)大的分析軟件，有以下幾個(gè)特點(diǎn)

1. 可以分析處理TB級(jí)別的海量數(shù)據(jù)，可以有效利用FPGA, GPU，集群等硬件資源來(lái)加速處理速度

2. 提供了數(shù)據(jù)預(yù)處理，交互圖譜創(chuàng)建和可視化，TAD和染色質(zhì)環(huán)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)等一些列完整的pipeline

3. 簡(jiǎn)單易用，不需要復(fù)雜的背景知識(shí)

該軟件按照功能拆分成了三個(gè)大的分析步驟，依次運(yùn)行即可得到最終的分析結(jié)果

1. 數(shù)據(jù)預(yù)處理，將原始的fastq序列比對(duì)參考基因組，識(shí)別其中的valid pairs, 并生成一個(gè)后綴為hic的文件

2. 讀取hic文件，創(chuàng)建可視化的交互圖譜，也稱之為contact map, 并進(jìn)行歸一化

3. 采用算法預(yù)測(cè)TAD和染色質(zhì)環(huán)等結(jié)構(gòu)

完整功能示意如下

juicer采用ArrowHead算法對(duì)原始的交互矩陣進(jìn)行轉(zhuǎn)化，并預(yù)測(cè)TAD拓?fù)潢P(guān)聯(lián)結(jié)構(gòu)域，采用HiCUUPS算法識(shí)別染色質(zhì)環(huán)chromatin loops。和其他Hi-C數(shù)據(jù)處理軟件相比，juicer的功能更為齊全

juicer獨(dú)創(chuàng)了一種名為hic的文件格式，用來(lái)存儲(chǔ)Hi-C數(shù)據(jù)的相關(guān)信息，這種格式是一種高度壓縮的二進(jìn)制文件格式，在以下鏈接可以查看這種格式的詳細(xì)信息

https://github.com/theaidenlab/juicebox/blob/master/HiC_format_v8.docx

在后續(xù)的文章中，會(huì)詳細(xì)介紹該軟件的用法。

關(guān)于Hi-C數(shù)據(jù)處理分析的利器Juicer是怎樣的問題的解答就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對(duì)大家有一定的幫助，如果你還有很多疑惑沒有解開，可以關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道了解更多相關(guān)知識(shí)。

本文名稱：Hi-C數(shù)據(jù)處理分析的利器Juicer是怎樣的
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