這篇文章主要介紹GeneMark-ES軟件有什么用，文中介紹的非常詳細，具有一定的參考價值，感興趣的小伙伴們一定要看完！

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GeneMark-ES軟件用于預測真核生物中的蛋白編碼基因，和其他預測基因結(jié)構(gòu)的軟件不同，它采用的是非監(jiān)督算法，可以不依賴訓練集進行預測。官網(wǎng)如下

http://exon.biology.gatech.edu/GeneMark/gmes_instructions.html

安裝過程如下：

wget http://topaz.gatech.edu/GeneMark/tmp/GMtool_lqacT/gm_key_64.gz
wget http://topaz.gatech.edu/GeneMark/tmp/GMtool_lqacT/gm_et_linux_64.tar.gz
tar xzvf gm_et_linux_64.tar.gz
gunzip gm_key_64.gz
cp ../../gm_key_64 ~/.gm_key

gm_key文件是軟件的通行證，需要拷貝到家目錄下，軟件本身只需要解壓縮就可以了。

基本用法如下

gmes_petap.pl --ES  --cores 10--sequence genome.fa

gmes_petap.pl本身整合了geneMark-ES和geneMark-ET兩個功能，genemark-ES用于基因組數(shù)據(jù)的預測，geneMark-ET用于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的預測。

--ES表示采用genemark-ES算法，--cores指定并行的CPU個數(shù)，--sequence指定輸入的fasta格式的序列。

對于真菌，有專門的參數(shù)，示例如下

gmes_petap.pl --fungus  --cores 10--sequence genome.fa

默認配置下，輸出文件名為genemark.gtf, 保存在軟件的安裝目錄，采用GTF格式來記錄基因的結(jié)構(gòu)信息。

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