GO 和 KEGG 的區(qū)別

1、屬性不同

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Go（又稱 Golang）是 Google 的 Robert Griesemer，Rob Pike 及 Ken Thompson 開發(fā)的一種靜態(tài)強(qiáng)類型、編譯型語言。功能：內(nèi)存安全，GC（垃圾回收），結(jié)構(gòu)形態(tài)及 CSP-style 并發(fā)計(jì)算。

KEGG 是了解高級功能和生物系統(tǒng)（如細(xì)胞、 生物和生態(tài)系統(tǒng)），從分子水平信息，尤其是大型分子數(shù)據(jù)集生成的基因組測序和其他高通量實(shí)驗(yàn)技術(shù)的實(shí)用程序數(shù)據(jù)庫資源，是國際最常用的生物信息數(shù)據(jù)庫之一，以“理解生物系統(tǒng)的高級功能和實(shí)用程序資源庫”著稱。

2、性質(zhì)不同

go是計(jì)算機(jī)編程語言。

KEGG基因組破譯方面的數(shù)據(jù)庫。

擴(kuò)展資料：

Go的語法接近C語言，但對于變量的聲明有所不慧賣同。Go支持垃圾回收功能。Go的并行模型是以東尼·霍爾的通信順序進(jìn)程（CSP）為基礎(chǔ)，采取類似模型的其他語言包括Occam和Limbo。

但它也具有Pi運(yùn)算的特征，比如通道傳輸。在1.8版本中開放插件（Plugin）的支持，這意味著現(xiàn)在能從Go中動(dòng)態(tài)加載部分函數(shù)。

與C++相比，Go并不包括如枚舉、異常處理、繼承、泛型、斷言、虛函數(shù)等功能，但增加了 切片(Slice) 型、并發(fā)、管道、垃圾回前升逗收、接口（Interface）等特性的語言級支持。Go 2.0版本將支持泛型，對于斷言的存在，則持負(fù)面態(tài)度，同時(shí)也為自己不提供類型繼承來辯護(hù)。

不同于Java，Go內(nèi)嵌了關(guān)聯(lián)數(shù)組（也稱為哈希表（Hashes）或字典（Dictionaries）），就像字符串類型一樣。

KEGG是一個(gè)整合了基因組、化學(xué)和系統(tǒng)功能信息的數(shù)據(jù)庫。把從已經(jīng)完整測序的基因組中得到笑櫻的基因目錄與更高級別的細(xì)胞、物種和生態(tài)系統(tǒng)水平的系統(tǒng)功能關(guān)聯(lián)起來是KEGG數(shù)據(jù)庫的特色之一。

人工創(chuàng)建了一個(gè)知識庫，這個(gè)知識庫是基于使用一種可計(jì)算的形式捕捉和組織實(shí)驗(yàn)得到的知識而形成的系統(tǒng)功能知識庫。它是一個(gè)生物系統(tǒng)的計(jì)算機(jī)模擬。

與其他數(shù)據(jù)庫相比，KEGG 的一個(gè)顯著特點(diǎn)就是具有強(qiáng)大的圖形功能，它利用圖形而不是繁縟的文字來介紹眾多的代謝途徑以及各途徑之間的關(guān)系，這樣可以使研究者能夠?qū)ζ渌芯康拇x途徑有一個(gè)直觀全面的了解。

參考資料來源：百度百科-go

參考資料來源：百度百科-KEGG

GO、KEGG富集分析（一）有參情況

對基因的描述一般從三個(gè)層面進(jìn)行：

這三個(gè)層面具體是指：

得到GO注釋

做GO分析的思路：

比如，在疾病研究的時(shí)候，進(jìn)行藥物治療之后某些基因的表達(dá)量明顯的發(fā)生了變化，拿這些基因去做GO分析發(fā)現(xiàn)在Biological process過程當(dāng)中集中在RNA修飾上，然后在此基礎(chǔ)上繼續(xù)進(jìn)行挖掘。這個(gè)例子就是想啟示大家拿到差異表達(dá)基因DEG只是一個(gè)開始，接下來就應(yīng)該去做GO注釋，之后需要進(jìn)行一個(gè)分析看這些注釋主要集中在哪個(gè)地方。假如我們有100個(gè)差異表達(dá)基因其中有99個(gè)都集中在細(xì)胞核里，那我們通過GO分析就得到了一個(gè)顯著的分布。

GO富集分析原理：

有一個(gè)term注釋了100個(gè)差異表御畝達(dá)基因參與了哪個(gè)過程，注釋完之后（模式生物都有現(xiàn)成的注釋包，不用我們自己注釋），計(jì)算相對于背景它是否顯著集中在某條通路、某一個(gè)細(xì)胞學(xué)定位、某一種生物學(xué)功能。

clusterProfiler是一個(gè)功能強(qiáng)大的R包，同時(shí)支持GO和KEGG的富集分析，而且可視化功能非常的優(yōu)秀，本章主要介紹利用這個(gè)R包來進(jìn)行Gene Ontology的富集分析。

進(jìn)行GO分析時(shí)掘閉，需要考慮的一個(gè)基礎(chǔ)因素就是基因的GO注釋信息從何處獲取。Bioconductor上提供了以下19個(gè)物種的Org類型的包，包含了這些物種的GO注釋信息

對于以上19個(gè)物種，只需要安裝對應(yīng)的org包，clusterProfile就會(huì)自動(dòng)從中獲取判拆裂GO注釋信息，我們只需要差異基因的列表就可以了，使用起來非常方便。

1.1 準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù)

待分析的數(shù)據(jù)就是一串基因名稱了，可以是ensembl id、entrze id或者symbol id等類型都可以。把基因名稱以一列的形式排開，放在一個(gè)文本文件中（例如命名“gene.txt”）。Excel中查看，就是如下示例這種樣式。

1.3 GO富集分析

加載了注釋庫之后，讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichGO()即可完成GO富集分析。

讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。

此外，clusterProfiler中也額外提供了一系列的可視化方案用于展示本次富集分析結(jié)果，具有極大的便利。

參考：

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【R語言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問題

前面我給大家詳細(xì)介紹過

?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個(gè)圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)碰侍所在。

dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)

我們來看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下笑咐吵這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和簡閉KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

go分析和kegg分析意義

GO分析和KEGG分析是生物信息學(xué)中常用的兩種方法。它們都是用來研究基因功能的?；靖拍?GO分析是通過對基因的序列信碼老息進(jìn)行分析來確定基因的功能的。KEGG分析是通過對基因的表達(dá)信息進(jìn)拿掘行分析來確定基因的功能的。GO分析和KEGG分析的主要區(qū)別在于它們所依據(jù)的數(shù)據(jù)不同。消模核GO分析是基于序列信息的，而KEGG分析是基于表達(dá)信息的。這意味著GO分析可以在基因還沒有被表達(dá)的情況下就可以確定其功能，而KEGG分析則必須等到基因被表達(dá)出來之后才能進(jìn)行分析。

新聞名稱：r語言go和kegg分析 r語言 gc
URL網(wǎng)址：http://jinyejixie.com/article44/ddpihhe.html

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