看到朋友圈有人轉發(fā)的推文 Nature|重大發(fā)現(xiàn)！人類的近親肺魚基因組被解析，點進去看到里面有一張進化樹的圖

 

正好自己最近在學習R語言的ggtree，之前也在ggtree的幫助文檔看到過類似的圖片，所以決定重復一下

用拉丁名來命名，屬和種之間用下劃線分隔

 

(((((((Anolis_carolinensis:0.4,Gallus_gallus:0.32)94:0.4,Homo_sapiens:0.3)95:0.4,(Ambystoma_mexicanum:0.4,Xenopus_laevis:0.41)93:0.6)90:0.41,Neoceratodus_forsteri:0.3)80:0.3,Latimeria_chalumnae:0.6)99:0.3,(Danio_rerio:0.3,Lepisosteus_oculatus:0.4)95:0.5)100:0.4,Callorhinchus_milii:0.3);

最基本的進化樹展示

library(stringr)
library(ggtree)
library(treeio)

tree1<-read.tree("Nature/Nature_tree_1.nwk")

ggtree(tree1)+
  geom_tiplab()+
  xlim(NA,4.5)

 

• 去掉拉丁名中的下劃線
• 拉丁名改為斜體
• 加粗線

ggtree(tree1,size=2)+
  geom_tiplab(aes(label=str_replace(label,"_"," ")),
              offset = 0.05,
              font="italic")+
  xlim(NA,4.5)

 

ggtree(tree1,size=2)+
  geom_tiplab(aes(label=str_replace(label,"_"," ")),
              offset = 0.05,
              font="italic")+
  xlim(NA,4.5)+
  geom_tiplab(aes(image=paste0("Nature/",label,".png")),
              geom = "image",size=0.2,offset = 1.25)

出圖以后再手動編輯一下圖片的位置就可以了 最終的結果如下