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美國基因組數(shù)據(jù)共享項(xiàng)目的啟動為全球癌癥研究人員帶來了福音

互聯(lián)網(wǎng)IDC圈6月16日報道,基因數(shù)據(jù)共享(GDC)項(xiàng)目,是一個可以增進(jìn)科研人員之間分享基因組和臨床數(shù)據(jù)的統(tǒng)一的數(shù)據(jù)系統(tǒng),該項(xiàng)目美國副總統(tǒng)Joe Biden訪問芝加哥大學(xué)運(yùn)營中心時候開始著手建立的。在美國國立癌癥研究院(NCI)的倡導(dǎo)下,GDC將會成為國立癌癥研究院和奧巴馬總體提出的關(guān)于精準(zhǔn)醫(yī)療倡議(PMI)的核心組成部分。GDC將會從分配給NCI的7千萬美元資金當(dāng)中獲得研發(fā)基金支持,NCI將會致力于癌癥基因組學(xué)的研究,這也是為腫瘤學(xué)研究所建立的PMI項(xiàng)目中最為關(guān)鍵的一步。GDC項(xiàng)目的建立就是為了讓NCI的癌癥基因組圖譜(TCGA)這樣的大規(guī)模研究項(xiàng)目中所獲得的數(shù)據(jù)進(jìn)行集中化管理,并將這些數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化建設(shè),同時讓更多科研人員可以獲得并使用數(shù)據(jù)。

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Biden Designates NCI’s Genomic Data Commons As “Foundational Element” of Cancer Moonshot

TCGA和TARGET代表著當(dāng)今世界上大且綜合性最強(qiáng)的癌癥基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫,這些數(shù)據(jù)庫容量超過2千萬億字節(jié)(1千萬億字節(jié)等同于223,000張DVD光盤的儲存能力)。同時GDC也會為全世界有志于分享個人科研數(shù)據(jù)的研究人員設(shè)立了癌癥基因組學(xué)和臨床數(shù)據(jù)的提交入口。這種做法,可以讓研究人員能夠使用GDC最先進(jìn)的分析技術(shù),并可以將個人的研究成果與GDC當(dāng)中的其他數(shù)據(jù)進(jìn)行比對。

GDC中的數(shù)據(jù)代表了成千上萬名癌癥患者和腫瘤的信息,使用標(biāo)準(zhǔn)化的算法可以對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)一處理,這樣就可以讓數(shù)據(jù)得到任何一名癌癥研究人員的使用。當(dāng)計(jì)算方式和基因組注釋改進(jìn)的同時,GDC中的原始基因組數(shù)據(jù)可以實(shí)現(xiàn)重新分析的功能。值得我們關(guān)注的是,在這個注重個人數(shù)據(jù)隱私和授權(quán)獲取數(shù)據(jù)使用權(quán)限的年代,GDC在數(shù)據(jù)的儲存和下載方面建立了相當(dāng)嚴(yán)苛的安防機(jī)制。

“有了GDC,NCI已經(jīng)開始承擔(dān)長期維護(hù)癌癥基因組學(xué)數(shù)據(jù)及為科研人員提供免費(fèi)使用入口的責(zé)任,”NCI的代理主任,醫(yī)學(xué)博士Douglas Lowy說。“隨著時間的推移,來自更多的癌癥患者的數(shù)據(jù)將會不斷增強(qiáng)GDC數(shù)據(jù)對于病情研究的解釋能力,最后,GDC將會加速我們精準(zhǔn)醫(yī)療的進(jìn)展?!?/p>

36大數(shù)據(jù)

GDC項(xiàng)目目前正在建設(shè),并由芝加哥大學(xué)數(shù)據(jù)密集型科學(xué)中心管理,并與加拿大安大略癌癥研究所合作。

“特別重要的是,GDC也將會儲存NCI新的臨床試驗(yàn)患者基因測序數(shù)據(jù),”NCI的 Louis M. Staudt,醫(yī)學(xué)博士說。“這些數(shù)據(jù)庫可以幫助我們更好理解到底哪種診療方式會更適合我們的癌癥患者。當(dāng)更新的數(shù)據(jù)和研究成果加進(jìn)來的時候,GDC將會變得更加智能,更加完善,會促進(jìn)我們獲得有關(guān)癌癥研究的更多發(fā)現(xiàn),提高癌癥患者治療的成功幾率。”

36大數(shù)據(jù)

對GDC,人們寄予很高的期望,因?yàn)镚DC將會從根本上成為癌癥研究和治療的綜合知識系統(tǒng)。GDC科研人員可以把基因和臨床數(shù)據(jù)(比如郭癌癥掃描圖像和組織切片數(shù)據(jù))與腫瘤的分子輪廓分析以及治療反應(yīng)整合。

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