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GOA中GeneOntology是怎樣注釋信息數(shù)據(jù)庫

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GOA全稱Gene Ontology Annotation, 是EMBL-EBI構(gòu)建的一個GO注釋信息的數(shù)據(jù)庫。

該數(shù)據(jù)庫提供了以下3種生物分子的GO注釋信息

  1. 來自UniProtKB數(shù)據(jù)庫的蛋白

  2. 來自RNACentral數(shù)據(jù)庫的RNA

  3. 來自Complex數(shù)據(jù)庫的蛋白復(fù)合物

GOA數(shù)據(jù)庫的注釋信息不僅包括由Gene Ontology委員會的專家們提供的手工注釋,還包括由生物信息軟件注釋得到的GO注釋信息。詳細(xì)的來源如下

GOA中Gene Ontology是怎樣注釋信息數(shù)據(jù)庫

GOA的注釋信息可以通過QuickGO進行瀏覽,官網(wǎng)上則提供了FTP下載功能,主要包含以下2種文件

1. GO注釋信息

提供了UniProtKB數(shù)據(jù)庫中蛋白對應(yīng)的GO注釋信息,同時對于常見的物種,還單獨提供了注釋文件。

GOA中Gene Ontology是怎樣注釋信息數(shù)據(jù)庫

2. Go Mapping 文件

提供了其他數(shù)據(jù)庫的ID和GO ID之間的對應(yīng)關(guān)系,列表如下

GOA中Gene Ontology是怎樣注釋信息數(shù)據(jù)庫

FTP的地址如下

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa

GOA的注釋信息通過QuickGO進行瀏覽和檢索,通過FTP服務(wù)則可以下載對應(yīng)的原始注釋信息。

上述內(nèi)容就是GOA中Gene Ontology是怎樣注釋信息數(shù)據(jù)庫,你們學(xué)到知識或技能了嗎?如果還想學(xué)到更多技能或者豐富自己的知識儲備,歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。

分享標(biāo)題:GOA中GeneOntology是怎樣注釋信息數(shù)據(jù)庫
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