這篇文章主要介紹了CANTATAdb數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用，具有一定借鑒價(jià)值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

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CANTATAdb數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了植物中的lncRNA信息，主要通過l軟件預(yù)測(cè)的方式識(shí)別植物中的lncRNA, 目前包含來自39個(gè)物種共239631個(gè)lncRNA，是目前最大的植物lncRNA數(shù)據(jù)庫(kù)，網(wǎng)址如下

http://yeti.amu.edu.pl/CANTATA/

通過從NCBI的SRA和EBI的ENA數(shù)據(jù)庫(kù)中收集植物的RNA_seq數(shù)據(jù)，通過比對(duì)組裝得到轉(zhuǎn)錄本序列，然后通過CNCI軟件來預(yù)測(cè)lncRNA。

通過導(dǎo)航欄的Search菜單，可以從下拉列表中選擇感興趣的物種，查看對(duì)應(yīng)的lncRNA信息，以水稻Oryza sativa為例，檢索框示意如下

可以通過CNCI軟件預(yù)測(cè)結(jié)果，肽段長(zhǎng)度，表達(dá)量，外顯子個(gè)數(shù)等參數(shù)對(duì)結(jié)果進(jìn)行篩選。網(wǎng)頁的第二部分展示的是篩選后的結(jié)果總數(shù)，示意如下

第三部分為最終結(jié)果，示意如下

在該數(shù)據(jù)庫(kù)中，每個(gè)轉(zhuǎn)錄本ID以CNCT開頭，給出了染色體位置，CNCI軟件的打分值，和swiss-prot蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)的結(jié)果，最大肽段長(zhǎng)度，最大表達(dá)量，外顯子個(gè)數(shù)等信息，點(diǎn)擊Details可以查看以下詳細(xì)信息

1. Blast

2.  表達(dá)量

3. 肽段預(yù)測(cè)結(jié)果

4.  序列

該數(shù)據(jù)庫(kù)中的lncRNA信息是可以免費(fèi)下載的，提供了FASTA和GTF兩種格式，示意如下

該數(shù)據(jù)庫(kù)中收錄的物種是最多的，做植物lncRNA研究的可以關(guān)注下這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)。

感謝你能夠認(rèn)真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“CANTATAdb數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用”這篇文章對(duì)大家有幫助，同時(shí)也希望大家多多支持創(chuàng)新互聯(lián)，關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，更多相關(guān)知識(shí)等著你來學(xué)習(xí)!

當(dāng)前名稱：CANTATAdb數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用
標(biāo)題網(wǎng)址：http://jinyejixie.com/article24/ipiice.html

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