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如何進(jìn)行單基因的tcga數(shù)據(jù)挖掘分析

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TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)關(guān)于食管癌的，分成ESCC和EAC，其中ESCC好發(fā)于中國(guó)人群，關(guān)心TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)里面的90個(gè)ESCC病人。

根據(jù)CCL2基因的表達(dá)量，可以把TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)里面的90個(gè)ESCC病人分成高低表達(dá)CCL2的兩個(gè)組，然后可以差異分析，GSEA分析等等

這次的學(xué)徒作業(yè)是完成下面的4幅圖：

  • eHeatmap of gene expression profiles of human ESCC cases (     n?=?90) from TCGA database.
  • fPearson correlation analysis shows tight association of CCL2 with CCR2 and PD-1.
  • gGene set enrichment analysis (GSEA) between group high (     n?=?52) and low (     n?=?38) of CCL2 expression shows enriched pathways associated with PD-1 signaling.
  • hHeatmap shows that expression of PD-1 signaling pathway associated genes is correlated with CCL2 expression in human ESCC

如下圖：

如何進(jìn)行單基因的tcga數(shù)據(jù)挖掘分析


 

其中圖f可以直接網(wǎng)頁(yè)工具做出來(lái)，UCSC的xena瀏覽器，或者GEPIA2都可以，需求最大的是tcga數(shù)據(jù)庫(kù)的生存分析和表達(dá)量差異。 

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