小編給大家分享一下EnhancerAtlas數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用,相信大部分人都還不怎么了解,因此分享這篇文章給大家參考一下,希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲,下面讓我們一起去了解一下吧!
創(chuàng)新互聯(lián)服務(wù)項(xiàng)目包括茅箭網(wǎng)站建設(shè)、茅箭網(wǎng)站制作、茅箭網(wǎng)頁(yè)制作以及茅箭網(wǎng)絡(luò)營(yíng)銷策劃等。多年來(lái),我們專注于互聯(lián)網(wǎng)行業(yè),利用自身積累的技術(shù)優(yōu)勢(shì)、行業(yè)經(jīng)驗(yàn)、深度合作伙伴關(guān)系等,向廣大中小型企業(yè)、政府機(jī)構(gòu)等提供互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)的解決方案,茅箭網(wǎng)站推廣取得了明顯的社會(huì)效益與經(jīng)濟(jì)效益。目前,我們服務(wù)的客戶以成都為中心已經(jīng)輻射到茅箭省份的部分城市,未來(lái)相信會(huì)繼續(xù)擴(kuò)大服務(wù)區(qū)域并繼續(xù)獲得客戶的支持與信任!
EnhancerAtlas結(jié)合三種高通量數(shù)據(jù)的分析結(jié)果來(lái)預(yù)測(cè)人和小鼠中的增強(qiáng)子,該數(shù)據(jù)庫(kù)最新版本為v2.0, 網(wǎng)址如下
http://www.enhanceratlas.org/index2.php
對(duì)于人類增強(qiáng)子,基于hg19基因組版本進(jìn)行預(yù)測(cè),目前包含來(lái)自170種細(xì)胞或組織共共4,506,217個(gè)增強(qiáng)子信息;對(duì)于小鼠增強(qiáng)子,基于mm9基因組版本進(jìn)行預(yù)測(cè),目前包含來(lái)自150種細(xì)胞或組織共2,811,699個(gè)增強(qiáng)子信息。
支持直接輸入基因名稱或者基因組特定區(qū)域,查看在該區(qū)域內(nèi)的增強(qiáng)子,示意如下
檢索結(jié)果示意如下
采用了基因組瀏覽器的展示形式,每一行稱之為track
, 黑色字體對(duì)應(yīng)行表示每種方法檢測(cè)到的該區(qū)域reads覆蓋結(jié)果,紅色字體對(duì)應(yīng)行為綜合多種方法得到的增強(qiáng)子區(qū)域的結(jié)果。
在結(jié)果頁(yè)面,可以下載該區(qū)域包含的增強(qiáng)子的fasta序列文件,示意如下
也可以比較增強(qiáng)子在不同細(xì)胞系中的表達(dá),檢索框示意如下
檢索結(jié)果示意如下
可以直觀比較不同細(xì)胞系中增強(qiáng)子的表達(dá)情況。該數(shù)據(jù)庫(kù)還支持展示增強(qiáng)子和基因之間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò),檢索框示意如下
調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的結(jié)果如下所示
除了在線檢索功能外,該數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)還可以免費(fèi)下載,無(wú)論是不同細(xì)胞系中增強(qiáng)子區(qū)間,還是增強(qiáng)子和基因間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò),都可以直接下載得到。對(duì)于增強(qiáng)子研究而言,該數(shù)據(jù)庫(kù)非常值得參考。
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