R語言，如何畫圖.....

q1, 首先要確定是barplot還是hist，如果是barplot的話，應該不存在breaks的問題，因為barplot的傳入?yún)?shù)是個矩陣；

在寶雞等地區(qū)，都構建了全面的區(qū)域性戰(zhàn)略布局，加強發(fā)展的系統(tǒng)性、市場前瞻性、產品創(chuàng)新能力，以專注、極致的服務理念，為客戶提供網站制作、網站設計 網站設計制作定制網站制作,公司網站建設,企業(yè)網站建設,成都品牌網站建設,全網整合營銷推廣,外貿營銷網站建設,寶雞網站建設費用合理。

我假設你要畫的是個hist，我偶遇過這個問題，我的理解是hist的breaks的值要能被范圍整除才行；比如x=1:200，break=7的話，就只能畫出4個柱來，但如果breaks=10就沒問題；基本上是這樣的，偶爾也有例外；比如break=5就不行....奇怪得很

最后，沒辦法的辦法，就只能用barplot代替hist了，barplot肯定不會有這個問題，統(tǒng)計下hist參數(shù)中的分布情況，轉換成矩陣，用barplot吧；

q2, 貌似一般都用一組因素把這些類別區(qū)分開，我用abcde，表示你的小學，中學...了，比如這樣：

a=1:7;b=8:10;c=c(9,10,11);d=c(40,55);e=100:110

f=factor(c(rep(1,sum(length(a),length(b),length(c))),rep(2,sum(length(d),length(e)))))#先用c()生成數(shù)組，在轉換成factor，其實數(shù)組也ok的，不過plot()中兩個數(shù)組和factor不一樣?

x=c(a,b,c,d,e)

plot(x~f)

q3, 就我所知不行；yes或no一定也要是能映射到x，y范圍內的點才行；你是想表示分類結果嗎？如果是的話，通常用顏色，或者在點旁邊的text表示。

q4, 舉個例子吧

x=-50:50

y=x^2+x+1

z=10*abs(x)+1

plot(x,y,type='l')

lines(x,z,lty=3)

legend(c('type1','type2'),?x=-20,y=2500,?col=c('black','red'),?lty=c(1,3))

legend的x和y是legend的左上角，匿名參數(shù)是類型名稱，col,lty,pch 是對應的顏色，線類型，和點類型。

最后，我現(xiàn)在多用ggplot2，如果不抵觸的話可以看看，和R的基礎作圖包思路不是很一樣，但是圖很清新的；

如果還有問題，建議把數(shù)據(jù)集data.frame粘貼幾行上來，我也試試；

R語言畫圖-條形圖，堆疊條形圖（ggplot2）

1. barplot函數(shù)

a=matrix(1:18,2)

a

?[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9]

[1,]? ? 1? ? 3? ? 5? ? 7? ? 9? ?11? ?13? ?15? ?17

[2,]? ? 2? ? 4? ? 6? ? 8? ?10? ?12? ?14? ?16? ?18

class(a) #查看a數(shù)據(jù)類型

[1] "matrix"

注意barplot函數(shù)對象要么是向量，要么是矩陣，若不是，則要進行數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)類型進行轉換

barplot(d)? #所有參數(shù)默認

?barplot

常見參數(shù)就不贅述了，幾個個人認為比較重要參數(shù)如下

names.arg----在每個條形圖或條形圖下繪制的名稱向量。 如果省略此參數(shù)，那么如果它是向量，則從height的names屬性中獲取名稱；如果它是矩陣，則從列名稱中獲取名稱。

legend.text----數(shù)據(jù)為矩陣的時候用，如果legend.text為true，則height的行名稱非空時將用作標簽。

horiz----默認false，為豎直條形圖，改為TRUE，為水平條形圖

beside---如果為FALSE，則將高度列描繪為堆疊的條，如果為TRUE，則將列描繪為并列的條

space---每根柱子之前留出的空間量（以平均柱子寬度的一部分為單位）。 可以以單個數(shù)字或每個小節(jié)一個數(shù)字的形式給出。 如果height是一個矩陣，并且next為TRUE，則可以用兩個數(shù)字指定空間，其中第一個是同一組中的條形之間的間隔，第二個是組之間的間隔。 如果未明確給出，則如果height為矩陣，并且next為TRUE，則默認為c（0,1），否則為0.2。

還有很多參數(shù)可以通過help()查詢

barplot(a,names.arg = c('1','2','3','4','5','6','7','8','9'),beside = TRUE,horiz = TRUE,col = rep(c('blue','green','gray'),3),legend.text = TRUE)

barplot(a,names.arg = c('1','2','3','4','5','6','7','8','9'),beside = F,horiz = TRUE,col = rep(c('blue','green'),2),legend.text = TRUE)

barplot(a,names.arg = c('1','2','3','4','5','6','7','8','9'),beside = F,horiz = F,col = rep(c('blue','green'),2),legend.text = TRUE)?

2.ggplot2包

安裝加載包

install.package('ggplot2')

library(ggplot2)

#創(chuàng)建矩陣

data-data.frame(Sample-c(rep('control1',3),rep('control2',3),rep('control3',3),rep('treat1',3),rep('treat2',3),rep('treat3',3),rep('treat4',3)), contion-rep(c('Cell','Tissue','Organ'),7), value-c(503,264,148,299,268,98,363,289,208,108,424,353,1,495,168,152,367,146,48,596,143))

colnames(data)=c('sample',"contion","value")

ggplot(data,mapping = aes(Sample,value,fill=contion))+geom_bar(stat='identity',position='fill') +labs(x = 'Sample',y = 'frequnency') +theme(axis.title =element_text(size = 16),axis.text =element_text(size = 14, color = 'black'))+theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))

#ggplot函數(shù)，geom從數(shù)據(jù)到幾何圖像，geom_bar為柱狀圖，geom_line為線型圖等，aes形成映射，x軸為sample，y軸為value，堆疊為contion，geom_bar()函數(shù)為建立柱狀圖，stat參數(shù)-統(tǒng)計變換，position參數(shù)為柱狀圖形式，position= 'fill'（圖形元素堆疊且高度標準化為1），position= 'stack'（圖形堆疊圖），參數(shù)position= 'dodge'（并列數(shù)據(jù)，非堆疊展示），coord畫圖在某個坐標系中，facet將繪圖窗口分成若干子窗口用來生成數(shù)據(jù)中不同子集的圖形

# labs為標題，theme為設置標題參數(shù)，axis.title為軸標題信息，axis.text為軸注釋文本，axis.text.x表示設置x軸的信息，還有更多參數(shù)詳查ggplot2包

ggplot(data,mapping = aes(Sample,value,fill=contion))+geom_bar(stat='identity',position='fill') +labs(x = 'Sample',y = 'frequnency') +theme(axis.title =element_text(size = 16),axis.text =element_text(size = 14, color = 'black'))+theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))+coord_flip() #加的函數(shù)可實現(xiàn)水平柱狀圖展示

ggplot(data,mapping = aes(Sample,value,fill=contion))+geom_bar(stat='identity',position='stack') +labs(x = 'Sample',y = 'frequnency') +theme(axis.title =element_text(size = 16),axis.text =element_text(size = 14, color = 'black'))+theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))

ggplot(data,mapping = aes(Sample,value,fill=contion))+geom_bar(stat='identity',position='dodge') +labs(x = 'Sample',y = 'frequnency') +theme(axis.title =element_text(size = 16),axis.text =element_text(size = 14, color = 'black'))+theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))

【R語言】解決GO富集分析繪圖，標簽重疊問題

前面我給大家詳細介紹過

?GO簡介及GO富集結果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風格展示結果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經過我的認真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關的函數(shù)拿出來認真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結所在。

dotplot這個函數(shù)，多了個 label_format 參數(shù)

我們來看看這個參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個參數(shù)默認值是30，當標簽的長度大于30個字符就會被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調節(jié)一下這個參數(shù)，把他設置成100，讓我們的標簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復原來的容貌。

關于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

新聞名稱：r語言go畫圖條目數(shù)量 r語言shiny畫圖
URL地址：http://jinyejixie.com/article0/dopseoo.html

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